Как феодальный город Бухара начала складываться в VI веке, когда тюркский предводитель Шири-Кишвар, подавив восстание бедноты, сделал город своей столицей. Город, называвшийся тогда Нумиджгат, возник в низовьях Зеравшана — там, где река, уже отдавшая свои воды полям и садам, терялась в камышовых зарослях. Коренное население Бухары было тогда иракского происхождения: оно исповедовало зороастризм, о чем говорит построенное здесь святилище огня.
В VII веке правитель Бидун восстанавливает цитадель и сооружает в ней замок, «по плану подобный созвездию Большой Медведицы». С тех пор крепость Арк и стала ядром феодальной Бухары: в ней расположились дворцы, правительственная канцелярия, храм, казначейство и тюрьма. Вокруг цитадели и начинает слагаться собственно город — шахристан, обведенный четырехугольником крепостных стен. С западной стороны простиралась площадь Регистан, за которой тянулись поместья феодалов, где среди зелени садов высились укрепленные замки. Вне шахристана стал формироваться торгово-ремесленный пригород (рабад), который в 850 году тоже был обнесен стенами.
Но эти стены не спасли город от нашествия армии правителя Арабского халифата. Защитники Бухары наносили сильные удары по арабским войскам, но путем обмана и вероломства тем удалось захватить город. Когда военачальник Кутейба взял Бухару, он потребовал, чтобы половина домов в городе была передана арабам, а жители близлежащих окрестностей должны были поставлять им дрова, съестные припасы и клевер для конницы.
Целое столетие в истории Бухары связано с арабским завоеванием, что, конечно же, отразилось на жизни города. Однако военные действия в течение столь длительного времени и неоднократные народные выступления не нанесли Бухаре серьезного ущерба: город ни разу не был взят штурмом и разграблен. В трудных случаях бухарцы предпочитали заключать пусть самый тяжелый мир, нежели держать изнурительную оборону.
После арабов в Бухару пришел Чингисхан, который отдал город на разграбление. Нашествие монголов превратило эти цветущие оазисы в груды развалин: от пожара сгорела большая часть города, уцелели только соборная мечеть и некоторые дворцы, построенные из кирпича.
Однако ни войны, ни раздоры местных феодалов не могли остановить развитие Бухары, которая росла сказочно быстро. Строительство здесь не прекращалось даже и тогда, когда Бухара, вошедшая в состав империи Тамерлана, потеряла свое политическое значение и отошла на задний план, так как великий завоеватель сделал своей столицей Самарканд. После распада империи Тамерлана и последовавшего за этим завоевания страны узбеками Бухара мало-помалу вновь начала приобретать значение столичного города.
Самым ранним из сохранившихся в Бухаре исторических памятников является мавзолей Саманидов. Народные предания связывают возведение мавзолея с именем Исмаила Самани — самого выдающегося представителя этой династии, правившего в 892—907-е годы. Однако научные исследования приводят к выводу, что перед нами фамильная усыпальница многих представителей этой династии.
Архитектурная композиция здания очень проста: это куб, увенчанный полушаром. Здание имеет очень толстые стены (до 1, 8 м), благодаря чему мавзолей и сохранился. Все фасады усыпальницы равнозначны: в середине каждой стены — большая стрельчатая арка, включенная в орнаментальную прямоугольную раму, составленную из кирпичных кружков. По верху мавзолея, опоясывая все его стороны, идет аркада из больших стрельчатых окон — по 10 с каждой стороны.
Почти девять столетий возвышается над древней Бухарой минарет Калян — «Великий минарет», который виден еще издалека, с какой бы стороны вы ни приближались к городу. Он был воздвигнут караханидом Арслан-ханом после того, как старый минарет, находившийся у стен цитадели, срыли, а соборную мечеть передвинули в сторону города. Минарету Калян была придана оригинальная форма, послужившая впоследствии предметом неоднократных подражаний: он строг, величав и уравновешен в своих монументальных формах, а его пропорции и членения выдержаны с большим вкусом. Минарет представляет собой массивную, слабо суживающуюся кверху колонну, сложенную из квадратного жженого кирпича на алебастровом растворе. Минарет увенчан сталактитовым карнизом, на котором возведен павильон-фонарь с 16 стрельчатыми окнами. Все это завершается вторым, уже сильно выступающим, сталактитовым карнизом.
Мостиком-переходом минарет соединяется с мечетью Калян, из которой можно попасть внутрь башни и по узкой, крутой лестнице, насчитывающей 105 ступеней, подняться наверх — в ротонду: здесь пред вами откроется прекрасный вид для полного обозрения Бухары. Пять раз в день через 16 арочных просветов неслись отсюда голоса муэдзинов, призывая правоверных на молитву. Однако «Великий минарет» служил и другим целям: в неспокойную пору дозорные день и ночь следили с вершины Каляна за окрестностями, чтобы не пропустить приближение врага. Позднее, в XVIII—XIX веках, минарет был местом публичной казни, с его 46-метровой высоты сбрасывали на мостовую осужденных, поэтому он и заслужил еще одно название — «Башня смерти».
Сама мечеть Калян пережила несколько этапов постройки, но дошедшее до нас здание восходит к 1514 году, когда в Средней Азии правили первые Шейбаниды. Ее называют еще «Джума мечеть» («Пятничная мечеть»), и она является одной из самых грандиозных мечетей Средней Азии. Масштабами своими она почти не уступает соборной мечети в Герате, которая в XV веке перестраивалась по указанию великого узбекского поэта и мецената Алишера Навои.
Мечеть Калян занимает большую площадь (180x130 м) и имеет традиционный двор, окруженный галереями. Вокруг двора располагаются купольные галереи, где 288 куполов покоятся на мощных столбах, а внутри галерей царят полумрак и прохлада. Во время празднеств в бухарской мечети могли одновременно разместиться до 10000 человек.
В XVI—XVII веках Бухара вновь достигла своего былого расцвета, что сказалось и на ее архитектурном облике. Город был коренным образом перестроен, изменилась его планировка, появились ансамбли, которые и определили лицо города, сохранившееся до наших дней. Однако внутри стен старой Бухары всегда была страшная теснота, еще в X веке из-за антисанитарии, нечистот и зловония город называли «отхожим местом страны». Положение усугублялось еще и тем, что многочисленные кладбища, ранее находившиеся за городскими воротами, после возведения в XVI веке новых стен оказались в черте города.
Скученность жилищ в Бухаре достигала невероятных масштабов, и зодчим приходилось проявлять чудеса небывалой изобретательности, сооружая 2—3-этажные каркасные жилища. Например, в старой еврейской махалля жилые дома в несколько этажей представляли собой прижатые друг к другу и сильно вытянутые вверх строения с внутренним двором-колодцем, в который выходили окна: на дне таких колодцев всегда было темно, грязно и душно.
Бухара была разбита на большое число гузаров (кварталов), которые представляли собой исторически сложившуюся административно-бытовую систему города. Жители издавна селились в Бухаре слободами, что нашло свое отражение и в названиях многих гузаров: в Пухтабофон жили лучшие ткачи, Ахтачи — оскопители баранов, коз и телят, Зубда — продавцы пахучих трав, Лойхуракон — едоки глины, Гарибия — безродные и т.д.
Дворец эмира на площади Регистан — это небольшая, но высокая и неприступная крепость с одними воротами. В средние века вход в него шел по пандусу, круто поднимающемуся вверх через башенные ворота и крытый проезд. В одной из стен дворца на недосягаемой высоте виднеется окошечко, в которое эмир показывался народу. Под ним располагался бухарский арсенал — небольшой навес, из-под которого выглядывали пушки.
Рядом с входными воротами висела огромная плеть (камчин) — символ эмирской власти. В верхнем ярусе ворот Арка были установлены вывезенные из Коканда трофейные часы-куранты, которые звонили каждый час. Во время религиозных праздников, отъезда и приезда эмира, а также во время выдачи войскам денег в цитадели играл оркестр.